石蜡包埋组织的DNA因受固定剂的类型、固定时间、固定温度及组织处理过程等多种因素影响而极易断裂，故操作步骤不宜过多。如何提高石蜡包埋组织DNA提取质量，有以下几点建议：
1、蜡块的选择，在DNA提取前检查组织切片。如果有自溶、退变或组织结构不清，大片出血等改变的蜡块不能用；若哟明显坏存在的蜡块，最好不用或将坏死部分切去后再用。
2、由于固定和包埋组织由于化学修饰作用，使得DNA与蛋白质不易分离。因此必须增加SDS和蛋白酶K的浓度和作用时间：SDS可增至1%~2%，蛋白酶K可分次加入，并注意不时震摇，使酶与组织充分接触。
3、根据组织细胞密度和细胞外间质的多少，DNA释放率是有差异的。对于含有较多间质的肺组织，我们在预实验中观察孵育时间最少要达到24h。在DNA提取过程中，应尽可能轻柔操作，避免过多地移管。若必需移管时应选用大口吸管。尽可能避免人为的DNA剪切。
石蜡包埋组织本是珍贵的分子生物学研究材料，但是由于它们的保存时间一般都比较长，很不容易从中提取到高质量的DNA，存在的主要问题是DNA的断裂和脱蜡过程中样品的丢失。因此如何从石蜡包埋的组织样本中提取出高质量的DNA/RNA就是很多科研人员的关注点。如今BIOG石蜡包埋组织DNA抽提试剂盒可以快速高效地从福尔马林固定、石蜡包埋的组织样本中提取DNA而设计。试剂盒使用百代生物特别研制的裂解液释放组织中的DNA，并使用反复优化的消化液去除DNA交联和已经降解的小片段DNA。BIOG石蜡包埋组织DNA提取试剂盒（BIOG DNA FFPE Tissue Kit）采用进口离子膜吸附DNA，而大多数蛋白质、多糖和脂类物质则被去除。与其它品牌的同类产品相比，使用BIOG石蜡包埋组织DNA提取试剂盒（BIOG DNA FFPE Tissue Kit）提取得到的DNA纯度更高，可以直接应用于各种PCR、Southern Blotting和限制性酶切实验等。
许多实验室研究人员习惯将组织蜡块切片后长期保存在室温条件下，而切片后的组织在室温下长期保存抗原易损失。
一些研究发现，切片在室温下保存3个月以上，免疫组化染色结果会出现减弱，甚至阴性。因此，有学者进行了新、旧切片保存时间对照实验。选择11种不同组织蜡块每例连续切10片，共110片，常温空气中放置1个月、3个月、6个月、1年再与新切片进行对照实验。实验结果表明，蜡块切片后室温保存3个月，抗原对多数抗体的敏感性下降50%，部分切片抗原丢失更多；切片保存6个月多数抗体不出现阳性结果，保存1年以上仅有个别切片有微弱阳性表达，尤其核表达抗原丢失更为突出。
究其原因可能与氧化作用有关，所以在实际工作中可以采用蜡封固切片和-20度低温保存组织切片来避免抗原损失，或石蜡组织块4度保存，用时再切片使用，这就可以大大降低抗原丢失率。
5例人肺癌石蜡包埋组织样本分别使用BIOG石蜡包埋组织DNA提取试剂盒(绿色）和国内另一品牌试剂盒（红色）提取DNA的浓度（ng/ul）分布，洗脱体积50ul，数据表明BIOG石蜡包埋组织DNA提取试剂盒DNA提取得率高于另一品牌。（仪器型号： Nanodrop2000c）