一次RNA甲基化测序,多项成果|云序测序带您超高性价比体验

  • 来源:生物谷
  • 时间: 2021/2/18 11:26:00
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    文章导读
    RNA修饰是表观遗传学中调控转录后基因表达的关键过程,目前对m6A RNA修饰的研究已进行的如火如荼,而除了m6A以外仍有多种RNA修饰类型参与调控转录后的基因表达,其中包括m1A、m5C、m7G、2’-O-甲基化修饰以及ac4C乙酰化修饰,在这些领域的研究中也不断有高分文章的出现。云序生物是国内RNA修饰测序的领跑者,可针对mRNA和各种非编码RNA提供各类RNA修饰测序服务 (m6A﹑m1A﹑m5C﹑m7G﹑ac4C﹑2’-O-甲基化等)。目前,云序已累计支持客户发表32篇高水平文章,合计影响因子204分,是国内支持发文最多、累计影响因子最高的公司。
    近日,云序客户分别在肝癌和胃癌中进行了m6A和m5C RNA甲基化的全转录组测序(circRNA、lncRNA和mRNA),其中在肝癌中进行的m5C测序数据发表了三篇表达谱的文章,实现了一次测序,三套数据,三项成果的“大满贯”;随之在胃癌中进行的m6A测序数据也发表两篇表达谱文章。真正体现了一次测序三套数据(circRNA、lncRNA和mRNA),多项成果,超高性价比,短平快发表高分文章。这里我们收集整理了这5篇云序生物提供服务的甲基化测序研究的文章,带领大家掌握常规性表达谱分析思路,给各位老师一个充分利用测序数据的思路。


    项目文章
    (一)云序客户m5C RNA甲基化修饰表达谱,一次测序三篇文章

    疾病:肝癌
    样品:肝癌组织vs癌旁组织(6 vs 6)
    研究方法:m5C-MeRIP-SeqRNA-seq


    1. 人肝癌和对应临近非肿瘤组织中mRNA的差异m5C表达谱概述
    发表杂志:Journal of Translational Medicine
    影响因子:4.124
    发表日期:2020.06.22
    文章链接:Overview of distinct 5-methylcytosine profiles of messenger RNA in human hepatocellular carcinoma and paired adjacent non-tumor tissues
    转录后甲基化修饰,如5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰,与癌症的肿瘤发生密切相关。然而,肝细胞癌(HCC)中m5C修饰的mRNA表达谱尚不清楚。本文通过由云序生物提供的m5C-MeRIP-Seq鉴定人HCC组织及邻近组织mRNA上的m5C峰,通过由云序生物提供的RNA-seq联合分析并预测特定甲基化转录本的功能。结果发现m5C在HCC和配对的非肿瘤组织中存在显著差异,暗示了m5C可能在HCC的发病机制中发挥作用。此外,GO和KEGG分析表明mRNA m5C在HCC中独特的分布模式与广泛的细胞功能相关。
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    2. 人类肝细胞癌中环状RNA的独特5-甲基胞嘧啶谱
    发表杂志:Am J Transl Res
    影响因子:3.5
    发表日期:2020.12.09
    文章链接:Distinct 5-methylcytosine profiles of circular RNA in human hepatocellular carcinoma
    最近的研究表明,几种环状RNA (circRNAs)可以影响肝细胞癌(HCC)的发生和发展。转录后甲基化修饰,包括5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰,与肿瘤的发生密切相关。然而,HCC中circRNA的m5C修饰图谱仍有待研究。在本研究中,作者通过云序生物提供的m5C-MeRIP-Seq来识别人类HCC组织和配对的非肿瘤组织的circRNA上的m5C位点。进一步分析了m5C与HCC的关系。此外,根据生物信息学分析预测了特定甲基化转录本的功能。作者发现在HCC组织和配对的非肿瘤组织中m5C存在显著差异,提示circRNA的m5C在HCC的发展中可能发挥关键作用。此外,基因本体论(GO)分析结果表明,circRNA m5C在HCC中独特的分布模式与特定的代谢相关通路相关。总之,该项研究结果表明,HCC与circRNA的m5C之间可能存在关联,该结果也为circRNA的m5C RNA甲基化在HCC进展中的新功能提供了新的见解。
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    3. 肝细胞癌中lncRNA的m5C转录表达谱分析
    发表杂志:Cancer Management and Research
    影响因子:2.886
    发表日期:2020.05.14
    文章链接:Transcriptome-Wide 5-Methylcytosine Functional Profiling of Long Non-Coding RNA in Hepatocellular Carcinoma
    越来越多的证据表明,甲基化状态与多种癌症的发病机制有关。其中,肝细胞癌(HCC)是威胁全球人类健康的致命疾病。虽然5-甲基胞嘧啶(m5C)已被确定为一种重要的调控修饰,但其在实体肿瘤(包括HCC)中的分布仍不清楚。本研究旨在探讨m5C在HCC中的分布与相关功能。通过由云序生物提供的m5C-MeRIP-Seq,我们观察到在HCC lncRNA中,m5C甲基化需要一个序列基序。无监督的分级聚类分析证实,lncRNA m5C的甲基化在HCC中比邻近的非肿瘤组织更常见。通过由云序生物提供的RNA-seq数据显示,在HCC中,更多基因通过甲基化表达上调,而在邻近的非肿瘤组织中,甲基化表达下调更多基因。GO和KEGG通路分析显示,lncRNA中与m5C位点显著相关的基因参与了HCC信号通路。结果表明,与邻近的非肿瘤组织相比,HCC中m5C的数量和分布有很大差异。本文进一步预测了m5C可能参与的HCC细胞功能,为m5C lncRNA在HCC肿瘤发生进展中的表观遗传调控提供了证据。
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    (二)云序客户m6A RNA甲基化修饰表达谱,一次测序两篇文章

    疾病:胃癌
    样品:胃癌组织vs癌旁组织(6 vs 6)
    研究方法:m6A-MeRIP-SeqRNA-seq


    4. m6A修饰对其修饰基因在胃癌中的异常表达及预后的潜在影响
    发表杂志:Frontiers in Genetics
    影响因子:3.258
    发表日期:2020.11.4
    文章链接:The N6-Methyladenosine Features of mRNA and Aberrant Expression of m6A Modified Genes in Gastric Cancer and Their Potential Impact on the Risk and Prognosis
    虽然已知n6 -甲基腺苷(m6A) mRNA甲基化与肿瘤发生密切相关,但其在癌症发生发展中的作用还不清楚。本研究通过测序鉴定m6A修饰基因在胃癌中的表达进一步探讨其对胃癌发展和预后的潜在影响。通过云序生物提供的m6A-MeRIP-Seq对三对胃癌和癌旁癌组织进行测序分析并结合TCGA数据进行临床、病理相关及生存分析,发现m6A修饰保守序列GGACAR (R = U或A) C在胃癌组织和癌旁组织中是一致的。对于大多数样本中m6A峰在编码序列3’UTR更富集。mRNA中m6A修饰水平较高的基因主要富集在致癌进程的转录调控紊乱中,而甲基化修饰水平较低的基因主要调控蛋白质的消化吸收。在GC和配对的癌旁组织中存在差异的m6A修饰基因,这些基因主要富集在转录调控紊乱和蛋白质的消化/吸收通路中。m6A修饰在胃癌中具有下调和上调基因,可能在胃癌发生过程中发挥重要作用,影响胃癌的发病风险和预后。
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    5. 胃癌中lncRNA m6A甲基化修饰与lncRNA/mRNA表达联合分析
    发表杂志:Cancer Cell International
    影响因子:4.175
    发表日期:2020.9.25
    文章链接:Joint analysis of lncRNA m6A methylome and lncRNA/mRNA expression profles in gastric Cancer
    N6-methyladenosine (m6A)修饰可能与胃癌的发生发展密切相关。目前,通过对胃癌相关的基于长链非编码RNA(lncRNAs)的m6A RNA甲基化进行高通量检测的研究仍然有限。通过云序生物提供m6A-MeRIP-Seq对三对胃癌和癌旁癌组织进行测序然后依次进行共表达分析和基因富集分析。在GC中鉴别出191个差异值m6A甲基化lncRNA, 240个差异lncRNA, 229个差异mRNA表达。此外,筛选了既发生差异甲基化又发生差异表达的lncRNAs (DME-lncRNAs),包括RASAL2-AS1、LINC00910、SNHG7和LINC01105。通过共表达分析探讨其潜在靶基因。基因富集分析表明,它们可能影响参与有丝分裂和细胞周期的细胞过程和生物学行为。在GC中发现的4种新型DME- lncRNAs,它们可能对GC细胞增殖起调控作用。本研究将为lncRNA 基于m6A甲基化修饰的胃癌病因和发病机制研究提供线索。
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    总结
    以上两个案例均是云序客户的MeRIP测序结合全转录组测序,利用相关测序分析数据得到的成果。实现一次测序3套数据的超值性价比,从而检测出的circRNA,lncRNA,mRNA修饰情况,进一步深度挖掘不同分子的RNA修饰机制。




    云序生物m5C修饰研究五大模块
    1. m5C RNA修饰测序
    m5C RNA修饰测序(m5C-seq)
    对m5C RNA甲基化,目前流行的检测手段为m5C-Seq技术,适用于m5C RNA甲基化谱研究,快速筛选m5C RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多种非编码RNA的m5C测序:
    • m5C 全转录组测序(涵盖mRNA,LncRNA,circRNA)
    • m5C  LncRNA测序(涵盖LncRNA和mRNA)
    • m5C  Pri-miRNA测序(涵盖Pri-miRNA和mRNA)
    • m5C  mRNA测序
    2. 检测整体m5C RNA修饰水平
    LC-MS/MS检测整体RNA修饰水平
    精准高效,可以实现一次检测,9类修饰水平检测,一步到位。
    3. m5C RNA修饰上游酶的筛选
    m5C RNA修饰相关酶PCR芯片
    寻找上游直接调控m5C RNA甲基化的甲基转移酶。
    4. m5C RNA修饰靶基因验证
    meRIP-qPCR
    云序提供各类不同修饰的meRIP-qPCR服务,可针对mRNA,lncRNA,环状RNA等不同类型的RNA分子进行检测,低通量验证RNA修饰靶基因表达水平。
    5. 机制互作研究
    5.1 RIP-seq/qPCR
    筛选或验证RNA修饰直接靶点,研究RNA修饰靶基因的调控机制。
    5.2 RNA pull down -MS/WB
    筛选或验证目标RNA互作基因或蛋白,研究相应的分子调控机制。
    5.3 双荧光素酶实验
    验证两基因互作,研究相应的分子调控机制。


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