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2020年4月，中科新生命超算中心一期集群系统正式上线试运行。本次一期集群系统的上线，标志着中科新生命向大数据，云计算时代迈出了一大步。 高性能计算集群，在生命科学领域有着重要的作用。中科新生命将以CPU、GPU和KNL异构超算平台的全面构架，构建成一套可融科研计算、海量数据处理、信息管理服务于一体的高性能计算公共服务平台，可满足生命科学领域对于大规模数据处理和大规模科学计算的普遍需求。此次，中科新生命采购了一批超级计算机硬件设备，将现有的计算能力提升了近20倍，大大缓解了之前存在的数据计算的排队情况，为广大院校、医院、科研机构及企业营造更加优质、高效的计算环境。未来超算中心将充分发挥资源优势，进一步提升技术能力和服务水平，协助更多的客户群体将先进计算能力转化为科研创新能力，也为中科新生命致力成为“优质的创新型生物技术服务品牌”作出贡献。 中科新生命作为国内提供质谱系统解决方案的平台，始终将“让生命科学研究与应用更简单”为使命，保证客户数据的高效、安全。同时，中科新生命秉承“为人类健康事业做出贡献”的信念，整合蛋白质组、代谢组、临床诊疗及医药研发数据，为实现基础研究到临床的快速转化提供精准平台。...
氯化三甲基锡（TMT）在工业和农业领域中广泛用作杀菌剂，塑料稳定剂的组成部分，并且有文献证明，在食品，饮料和日用品中可检测到TMT。在过去的几十年中，不断中毒的案例报道。TMT被普遍认为具有有效的神经毒性作用，尤其是在海马中。然而，TMT诱导神经毒性的机制仍然不清楚。2020年3月，第三军医大学研究团队在Autophagy（IF=11.059）杂志上在线发表了题为KIF5A-dependent axonal transport deficiency disrupts autophagic flux in trimethyltin chloride-induced neurotoxicity的研究论文，利用蛋白组学技术揭示了巨自噬/自噬溶酶体机制在TMT诱导的神经毒性中的重要作用，并找出了关键蛋白质Kif5a，为今后的TMT毒性治疗提供了方向。研究材料： Neuro-2a 细胞系，原代海马神经元， C57BL/6J小鼠技术方法：TMT蛋白质组学+PRM研究路线：研究结果：1.利用蛋白质组学发现自噬通路重要性本文首先通过CCK-8分析确定TMT在Neuro-2a细胞中的神经毒性。用2、4和8μM TMT处理细胞24小时分别导致细胞活力降低约15％，31％和44％。然后，8μM TMT处理24小时的细胞进行了TMT标记定量蛋白质组学分析。与对照组相比，TMT组中共有340种差异表达的蛋白质，其中204种蛋白质发生上调（>1.2倍以上），而136种蛋白质发生了下调（倍以下）。通过对差异蛋白质进行KEGG与IPA分析发现，自噬在TMT诱导的神经毒性中应当起到重要作用。图1蛋白质组学联合生信分析揭示自噬通路在TMT诱导神经毒性中的重要性2.对TMT诱导的自噬通量受损进行验证为进一步评估自噬对TMT诱导的神经元细胞死亡的影响，作者研究了TMT影响Neuro-2a细胞自噬通量的机制。TMT以剂量依赖的方式增加了LC3B-II：LC3B-I表达的比例，使SQSTM1水平升高。这表明TMT损害了自噬体的清除，导致它们在细胞质中的积累。这一结论支持TMT在Neuro-2a细胞中是一种有效的自噬抑制剂。图2 TMT处理扰乱了神经细胞的自噬通量3. TMT抑制Neuro-2a细胞中的自噬通量的机制探究由于自噬是一个多步过程，作者进一步探究TMT对自噬的哪一阶段产生影响。结果表明，TMT不干扰自噬体的形成和成熟，不影响自噬体与溶酶体的融合，而是通过影响溶酶体的pH值以及造成组织蛋白酶的酶活缺陷影响溶酶体功能，进而造成了自噬通量的缺陷。图3 TMT不会抑制Neuro-2a细胞中的自噬诱导或自噬成熟图4 TMT不会抑制Neuro-2a细胞中的自噬体与溶酶体的融合图5 TMT影响Neuro-2a细胞中的溶酶体pH及蛋白酶水解功能4. KIF5A是TMT处理细胞过程中神经毒性相关的关键蛋白通过进一步对蛋白质组学结果进行IPA分析，发现与自噬相关的关键蛋白KIF5A，利用western blot验证了TMT处理对KIF5A的显著下调。进一步的自噬通量表型研究发现在Neuro-2a细胞中过表达KIF5A可以逆转TMT诱导的神经细胞毒性，PRM分析发现TMT诱导的蛋白表达趋势同样可以得到逆转。图6 IPA显示KIF5A与自噬途径变化蛋白的紧密关联图7 Kif5a的过表达可逆转TMT诱导的神经细胞毒性图8 PRM分析证实Kif5a的过表达可逆转TMT诱导对重要蛋白质的调控趋势5. KIF5A在海马神经元中可以挽救TMT造成的溶酶体顺行运输缺陷从小鼠体内分离得到原代海马神经元，接种在微流体腔上生长，并利用红色荧光标记溶酶体，使用运动记录仪记录溶酶体沿轴突运动的轨迹，发现TMT处理会造成溶酶体顺行运输缺陷，而这一缺陷可以被KIF5A的过表达挽救。图9 Kif5a的过表达可挽救TMT诱导的溶酶体顺行运输缺陷6. KIF5A在小鼠体内可以挽救TMT造成的癫痫和自噬通量缺陷引起的海马损伤对小鼠进行TMT单次腹腔注射，进行TMT体内神经毒性的研究，发现注射24h后，小鼠出现癫痫以及海马神经元损伤，在分子层面上则表现为KIF5A表达下调、自噬体CTSB活性下调以及自噬通量缺陷。在小鼠体内过表达Kif5a可以在体内拮抗TMT诱导的神经毒性和自噬通量损伤。图10 TMT对小鼠海马神经毒性的表现与Neuro-2a细胞类似图11 Kif5a的过表达可以拮抗TMT诱导的体内神经毒性和自噬通量受损研究亮点总结本研究通过蛋白质组学结合生物信息学，对TMT的神经毒理机制进行了深入的研究：机制探索上，从重要通路到具体机制再到关键蛋白逐级深入，从自噬通路的锁定到对自噬通路的多个阶段进行细致的验证，将TMT对自噬通量的干扰锁定到对溶酶体功能的影响上，然后还寻找到了关键下调蛋白Kif5a，并且通过对Kif5a过表达对TMT诱导的神经毒性的逆转证实了Kif5a的重要作用；在机制验证上，从Neuro-2a细胞到原代海马神经元，再到小鼠体内实验，层层递进，对TMT的毒理机制以及过表达Kif5a对该神经毒性的逆转进行了从体外到体内的验证，为机制的未来应用提供了扎实的方向指引。备注：获得本篇软文的详细视频解读，请在中科新生命微信公众号后台回复“3.31讲座回放”。...
春回大地，疫情归“零”，听说各地高校都纷纷要准备开学了！又要回到久别的实验室投入科研，想必你也是摩拳擦掌，希望在新一年里干出一番新气象，做一篇优秀paper证明自己。 早早返岗的小编也远程问候了被迫在家抗疫的师弟师妹，祝福ta的细胞存了种、小鼠有人喂、试剂未过期、文章没被抢……不过和大家交流一番后，发现疫情期后出现的问题可不仅仅是这些。“老板说现在单细胞测序热度很高。假期读了十几篇相关文献，涉及的技术方法太多，不知道哪种更适合我。”“课题里需要用到几种测序技术，实验室没人做过。不知道公司能提供哪些结果，拿到手要怎么才能弄明白。”“最近在家听了不少网课，感觉收获不少。但不同课程各有侧重，没有完全连贯起来，缺少一个整体研究思路。”掐指算来，又到了安诺基因的校园宣讲季，正是解决大家关于测序技术各种问题的好机会。疫情未去，安全第一，我们今年的宣讲也增加了“无接触模式”。宣讲可选主题丰富多样，覆盖各类常见、热门、前沿的高通量测序技术。如果这些主题不满足您的需求，还可以根据预约信息，提供更具有针对性的个性化宣讲哦~现在扫描下方二维码填写相关信息，就有机会为自己所在课题组预约一场“私人定制”的免费线上/线下学术宣讲！趁着好春光，赶紧约起来~ ...
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