核酸助沉剂常见类型、作用原理及优缺点介绍

来源: 翌圣生物科技(上海)有限公司   2021-1-4   访问量:1455评论(0)

核酸助沉剂常见类型、作用原理及优缺点介绍

1. 核酸助沉剂概念及作用

荧光定量PCR是分子诊断主流技术,包括核酸提取和PCR扩增两个环节,两者共同决定了该检测方法的评测参数。以最直观最关键的检测灵敏度指标来看,只有实现了提取环节最优化和PCR扩增环节最优化的情况下,检测灵敏度的结果才更可信。检测灵敏度显示了检测试剂的检测下限对于荧光定量PCR而言,即一定样本浓度下的病毒核酸检出率。

Carrier RNA,中文名载体RNA,又叫核酸助沉剂。在核酸提取环节,提取使用到的离心管壁多是聚丙烯的材料,管壁上有静电,会吸附核酸。在提取纯化过程中采用Carrier RNA 可帮助核酸去除静电效应,保证核酸能很好被吸附到纯化柱上,提高洗脱效率,从而达到尽可能多的回收样本中核酸!

2. 核酸助沉剂常见类型

作为核酸沉淀的辅助物质核酸助沉剂有多种类型。

类型

代表物质

作用原理

多聚糖

糖原

RNA在高盐、无水乙醇环境中溶解度很低,通过高速离心可发生沉淀。当RNA浓度很低时,微量RNA不足以形成沉淀。在上述环境条件下,糖原也不可溶并可与RNA共沉淀,形成可视化沉淀。

核酸混合物

PolyA钾盐、大肠杆菌总RNA、酵母总RNAtRNA

减少吸附损失,降低核酸酶攻击待提取核酸的概率。

其他

线性化丙烯酰胺

减少吸附损失

3. 优质产品介绍——上海翊圣生物生产的核酸助沉剂

翊圣生物Carrier RNA是酵母来源的RNADNaseRNase酶残留,蛋白和DNA残留含量极低。可用于病毒核酸提取、微量DNA提取等实验,提取的核酸可用于后续RT-PCRRT-qPCR等实验。产品分为液体和冻干型粉末制剂便于直接使用和长距离运输保存

产品名称

产品编号

规格

保存条件

Carrier RNA, 6 μg/μL

19701ES03

1 mL

-20℃保存,可保存2

Carrier RNA Powder, 216 μg/tube

19703ES01

1 tube

室温保存,可保存1

Carrier RNA Powder, 310 μg/tube

19704ES01

1 tube

室温保存,可保存1

本品为核酸混合物产品使用非常简单在纯化核酸过程中通过添加微克量(μgCarrier RNA,即可实现提升低至皮克级别(pg)微量核酸的沉淀效率,达到提升试剂检测灵敏度的目的。

其作用原理主要是通过混入大量核酸(Carrier RNA),减少了目标核酸物质的管壁吸附损失,进而提高微量的核酸纯化柱上的结合和洗脱效率,同时降低了提取环境中的RNase降解微量RNA的概率。

4. 应用案例

Carrier RNA的加入有助于低丰度SARS-CoV-2假病毒核酸检测

使用磁珠法拭子样本病毒DNA/RNA提取试剂盒(产品货号:19387ES),提取不同浓度的SARS-CoV-2假病毒样本核酸,后续使用新冠检测试剂盒进行检测N基因。结果显示,添加Carrier RNA后,具有更高的提取效率,使下游检测更灵敏。

Ct

0 copies/mL

125 copies/mL

250 copies/mL

500 copies/mL

1000 copies/mL

NTC

不加carrier RNA

N/A; N/A; N/A

N/A; N/A; N/A

N/A; 40.4; N/A

N/A; 40.16; 40.88

38.05; 38.02

N/A; N/A; N/A

carrier RNA

N/A; N/A; N/A

N/A; 40.54; N/A

40.2; 40.29; 38.95

38.61; 39.03; 38.59

37.53; 36.34

见图1-1

Carrier RNA放置于65℃不同时间(3d,6d,9d)后,与提取性能标准保存条件一致

Carrier RNA粉末分别放置于653d6d9d进行加速试验测试,测试方案为:使用磁珠法拭子样本病毒DNA/RNA提取试剂盒(产品货号:19387ES),提取不同浓度的SARS-CoV-2假病毒样本核酸,后续使用新冠检测试剂盒进行检测orf1abN基因。结果显示,与标准保存条件(-20℃)相比,置于65℃保存9天的Carrier RNA,性能不发生变化。定量仪器:Biorad CFX96,核酸提取仪:上海儒克生物 Purifier 32 核酸纯化仪。

VIC

Ct

0 copies/mL

250 copies/mL

500 copies/mL

1000 copies/mL

2000 copies/mL

NTC

653

36.32; 36.03; 36.26

35.16; 35.41; 39.26

35.19; 36.58; 35.44

33.80; 33.55

656

36.28; 35.61; 35.42

36.40; 35.21; 35.23

35.29; 34.37; 34.09

33.91; 33.21

659

36.40; 35.53; 37.41

36.24; 36.07; 36.63

34.34; 34.21; 34.25

33.97; 33.54

-20℃保存

N/A; 39.47; 39.86

36.40; 36.41; 38.01

35.55; 35.48; 36.01

33.14; 34.51; 34.50

33.92; 33.00

N/A; 40.15; 39.39

FAM

Ct

0 copies/mL

250 copies/mL

500 copies/mL

1000 copies/mL

2000 copies/mL

NTC

653

36.88; 37.07; 36.34

35.21; 35.62; 40.02

35.32; 36.61; 35.49

34.13; 33.86

656

35.98; 35.68; 35.32

37.34; 35.56; 35.39

35.69; 34.53; 34.14

34.35; 33.47

659

36.29; 36.20; 37.63

36.60; 35.86; 36.31

34.83; 34.41; 34.61

34.00; 33.58

-20℃保存

N/A; N/A; N/A

36.06; 36.27; 39.08

35.63; 36.04; 37.43

33.5; 35.11; 34.49

34.09; 33.09

N/A; N/A; N/A

见图2-1、图2-2

翊圣Carrier RNA V.S. Q同类产品

使用磁珠法拭子样本病毒DNA/RNA提取试剂盒(产品货号:19387ES),提取不同浓度的SARS-CoV-2假病毒样本核酸,后续使用新冠检测试剂盒进行检测N基因。结果显示,添加Carrier RNA后,具有更高的提取效率,使下游检测更灵敏。

VIC

Ct

0 copies/mL

125 copies/mL

250 copies/mL

500 copies/mL

1000 copies/mL

NTC

YEASEN

N/A; N/A; N/A

N/A; N/A; N/A

38.76; 38.47; 39.53

38.83; 37.60; 37.82

37.91; 37.17

N/A; N/A; N/A

Q品牌

N/A; N/A; N/A

N/A; 40.01; N/A

N/A; 39.57; N/A

37.42; 39.06; 38.85

N/A; 36.04

FAM

Ct

0 copies/mL

125 copies/mL

250 copies/mL

500 copies/mL

1000 copies/mL

NTC

YEASEN

N/A; N/A; N/A

N/A; N/A; 38.06

38.92; 37.44; N/A

35.71; 38.51; 36.36

35.31; 34.59

N/A; N/A; N/A

Q品牌

N/A; N/A; N/A

N/A; 38.85; N/A

38.61; 36.75; 39.58

37.41; 36.43; 35.70

36.25; 35.79

见图3-1、图3-2

5相关产品

Carrier RNA提供成管冻干粉及液体类型,可直接用于各类应用场景。

产品名称

产品编号

规格

价格(元)

Carrier RNA, 6 μg/μL

19701ES03

1 mL

635.00

Carrier RNA, 6 μg/μL

19701ES08

5 mL

询价

Carrier RNA Powder, 216 μg/tube

19703ES01

1 tube

75.00

Carrier RNA Powder, 216 μg/tube

19703ES80

100 tube

询价

Carrier RNA Powder, 216 μg/tube

19703ES92

1000 tube

询价

Carrier RNA Powder, 310 μg/tube

19704ES01

1 tube

95.00

Carrier RNA Powder, 310 μg/tube

19704ES80

100 tube

询价

Carrier RNA Powder, 310 μg/tube

19704ES92

1000 tube

询价

HB201223



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