临床液体活检存在的问题及解决方案

来源: 菁良基因科技(深圳)有限公司   2020-7-9   访问量:588评论(0)

随着靶向药物和免疫治疗在肿瘤治疗领域上的大放异彩,液体活检也逐渐走入了人们的视野, 引起人们的广泛关注。作为一种新兴的癌症检测技术,与传统的组织检测相比,液体活检具有无创性、敏感性和动态性等众多特点。行业的发展正推动着液体活检成为肿瘤基因分型的临床DNA样本收集的首/选方法。在肿瘤诊断以及治疗期间的常规监测过程中,用以检测突变的出现以便于随时调整治疗方案。另外,液体活检可用于在疾病症状出现前对普通人群进行癌症筛查,以促进早期诊断并得到更好的治疗效果。



ctDNA液体活检在患者诊断中的挑战

与任何新的测序技术一样,常见的技术障碍包括:

样品处理问题
液体活检工作流程包括样品处理的步骤。例如,临床实验室几十年来,一直对如何处理实体的FFPE蜡块更熟悉,现在却面临着如何处理保质期更短的血液样本的问题,这需要多个提取步骤,比如从全血提取血浆,从血浆提取ctDNA。所有这些提取步骤都需要进行适当的验证,以确保它们不会在最终结果中引入错误。

结果可靠性
与以前的基于FFPE的测序相比,液体活检需要更灵敏的检测限。因此,这项技术需要经过严格的测试,以确保它能够准确地识别0.1-5%的等位基因突变频率范围内的变异,而不会出现误报。

样品的多样性
人血浆在不同批次间,显示出高的多变性,这使得控制和实施一致性变得困难。此外,由于临床采血和即时血液储存过程的不一致,也会导致高样本变异。


液体活检的两大挑战

检测限(LOD)和假阳性错误率
使用ctDNA做早期癌症筛查的一个关键挑战是,患者血液中ctDNA的含量极低。这意味着实验室测序的时候,等位基因突变频率比以前要低得多。

那我们怎样才能对我们的检测下限有信心,并确保我们没有在结果中看到假阳性?使用具有明确的等位基因梯度频率范围的参考标准可以帮助确定检测的真实极限,并降低误报的风险。

 

 这个不同浓度梯度标准品测试结果表明:

• 该检测实验室ctDNA试验的可靠的检测限是1%AF

• 该检测实验室NRAS Q61K检测结果呈现假阳性

 
在检测病人样本之前,使用标准品可以确定您的检测限,也可以优化检测流程,您可以重新校准和修改您的工作流程,以避免出现任何误差。这让您在处理真实的病人样本时对结果更有信心。


控制操作流程

细胞系来源的参考标准品与真实的患者样本非常相似,并且具有ddPCR这样的金标准所验证的临床相关突变频率,这种标准品/质控品可以使不同的液体活检方法得到适当的验证。

用户可以:
♢ 检查工作流程,在具有明确的等位基因频率以及不会出现假阳性的质控品的帮助下,可以准确地检测所有突变
♢ 验证和控制DNA提取过程中引入的错误
♢ 确保液体活检测序分析的设计在没有扩增子脱落的情况下有效运行(液体活检分析需要比新鲜组织或FFPE分析更小的DN**段进行测序)


菁良解决方案

菁良基因开发了一系列细胞系来源的ctDNA参考标准品,最/大程/度模拟患者样本,可以帮助开发、优化、监测和控制检测的准确性。

这些标准品包含一系列关键癌症基因中常用突变位点,产品平均片段分布在160bp左右,能最大/程/度接近真实血浆ctDNA/片段分布。
 
 

 明星产品-肺癌ctDNA标准品套装

 

 产品特点:
♢ 样本来源于人类细胞系
♢ 变异位点频率经过数字PCR平台验证
♢ 套装包含三管产品,对应三个AF梯度:0,0.1%,1%
♢ 涵盖8个非小细胞肺癌热门基因突变位点
♢ 标准品平均片段长度为160bp,最/大/程/度模拟循环肿瘤DNA/片段分布

 


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