APT-Omics云课堂 7.2肠道微生物专题报告精彩回放

来源: 上海中科新生命生物科技有限公司   2020-7-7   访问量:892评论(0)

肠道微生物被认为是人体一大“隐形的器官”,菌群的紊乱参与神经系统疾病、代谢性疾病、肠道炎性疾病等多种疾病的发生。早在2011年和2013年,微生物组技术就被评为年度技术突破,近年来更是医学的研究的热点,经常出现在CNS系列期刊及其封面上。

​中科新生命提供一站式的肠道微生物完整解决方案——“肠道菌群-代谢物-靶器官“多组学分析,实现从菌群组成分析,代谢物分析,到靶器官分子表达分析的完整研究;同时借助于集成的机器学习算法,提供更有效的关键菌、关键功能代谢物及标志物的挖掘与筛选。已合作发表多篇高水平项目文章(Circulation Research等领域TOP期刊),欢迎来电咨询。

7.2号,中科新生命举办了肠道微生物专题讲座。两场报告好评如潮,感谢各位老师的支持。本次讲座的回看视频如下,限时免费2周,没有看过瘾的或错过本次专场的老师们请联系中科新生命助理微信(19946181033)索取回看链接。

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Qustions

&

解答

Answers

直播间问答回顾

1. 可用于菌群分析的样品种类有哪些?粪便、血清、癌症组织等都可以吗?

答:粪便和内容物用的比较多。血液、癌症组织也报道含有少量细菌。整体来说,粪便、内容物研究的会更多些。

2. 做药物治疗疾病模型小鼠机制,是直接测粪便16sDNA,还是粪便移植后做移植鼠的粪便?

答:如果没有多篇CNS系列或领域TOP期刊的文章研究证实该疾病与肠道菌群相关,建议最好不要跳过16S。通过16S,可以初步判断疾病与正常的菌群是否存在差异,初步判断疾病是否与肠道微生物有关。如果有显著差异,后面再通过粪便移植技术证实这一因果关系。

3. 粪菌移植移植实验是否一定用无菌小鼠,用ABX处理小鼠代替,发文章时会被质疑吗?另外,粪便菌群移植,冻存的粪便可以用吗?

答:两种方式都可以,整体来说粪便移植无菌小鼠这种实验会更多些。粪便移植,可以用冻存的粪便。

4. 16s和宏基因组都做可以吗?我看好多文章16s和宏基因组都做了,意义大吗?

答:可以做的。宏基因组对菌的注释层级会更深,还有菌群的功能信息,结果更丰富,是16S的升级版。可以只选用其中一种技术,也可以选用两种技术同时做。两种都用的情况,一般是先测16S后,再用部分样本做宏基因组,用16S的结果来描述菌群结构差异,用宏基因组结果补充说明菌群功能差异。

5. 有检测代谢产物追踪到肠道菌群的嘛?

答:目前还没有相关的数据库可以用,需要通过实验来证实。先观察实验中代谢物与菌之间是否具有相关性,然后再去看这种菌的KEGG代谢途径(也可跳过),最后在无菌小鼠上定植这种菌,观察代谢物的表达水平是否出现显著变化,若有显著变化,则证实这种代谢物来源于这个菌。

6. 菌群Biomarker具体指什么?用16s得到的数据,可以用机器算法做菌群biomarker吗?

答:目前不少高水平研究发现菌也是作为作为疾病诊断biomarker,准确区分疾病与患者,就好像用于临床诊断的代谢物、蛋白或某些基因一样。用16S的数据是可以通过机器学习筛选菌群biomarker的,但是样本总数最好在100例以上,才能发挥机器学习算法的优势。

7. 29短链脂肪酸测几种?

答:一般研究的是乙酸,丙酸,丁酸,戊酸,己酸这些,但是研究得最多的是乙酸,丙酸,丁酸。

8. 请问我做代谢组的目的是查看能降解纤维物质的微生物的代谢产物,是采用GC-MS还是LC-MS比较好?

答:如果这类代谢产物是带有一定的气味,具有挥发性,选用GC-MS,如果没有什么气味,非挥发的,建议LC-MS。

9. 请问做代谢组,对样本的量有什么要求?

答:如果是粪便类样本,200mg;如果是细菌类样本,10E6到E7次方

10. 靶器官的代谢组和转录组学 有什么区别吗?

答:其实这几个都可以,代谢组做完之后很多时候也是看哪些代谢途径发生了变化,最后回到基因层面,所以转录组,蛋白组可以直接揭示了。代谢组的好处是,有些代谢物是有功能的,比如说是神经系统疾病,神经递质之类的代谢物就比较关键了,用代谢组就能测到了。还有些代谢性疾病,涉及这种糖脂代谢的紊乱,代谢组去检测却是更直接些。您说的也非常对,确实还能对比菌群和循环水平的代谢物,看看是不是进入靶器官了,从而在靶器官发挥作用。

11. 机器学习是免费的吗,在哪里可以用,是软件吗?

答:机器学习是许多算法的一个统称。像常见的随机森林,支持向量机等算法的软件包都可以在网上开源获得。中科新生命在这些算法的基础上,自主研发了一种新的集成机器学习算法,该算法目前已申请发明专利,具有优秀的标志物筛选能力。如果老师在中科做了大队列的组学项目,这项机器学习分析是免费送的。如果老师有一些自己的数据(比如临床数据,之前测的组学数据等)想做这个分析,可以联系我们会有相应的报价。

12. 可以说一下机器学习样本量要求吗?

答:中科新生命的集成学习算法,需要样本量至少80例(对照实验组总计),两组样本数量比例小于1:1.5)

13. 靶器官的代谢组和转录组学 有什么区别吗 是不是代谢组更直接,可以和肠道菌群、血液的代谢组相对应?

答:测靶器官代谢或转录都是为了去解释菌群,菌群代谢物是通过什么分子机制影响靶器官从而影响整个表型的。从机制角度来说,转录组获得的信息相对更直接一些,因为靶器官的代谢组改变可能是由于靶器官基因表达的改变造成的,如果不做转录/蛋白组,中间的逻辑可能会缺一环。

14. 蛋白修饰和代谢结果如何关联找到结论?

答:主要通过两类方法去找关联信息:(1)数据库通路整合,例如KEGG。可以看到已知的代谢通路上,各代谢物和蛋白表达量发生了什么变化,根据通路信息结合文献推断产生表型的主要原因。另外假如通路上的信息出现相悖的结论,那么预示着其中可能存在一些其它的机制需要探索。(例如代谢物的合成增加了,其相应的合成酶表达没有明显差异,那么预示着有可能在蛋白修饰层面发生了变化。)

肠道菌群-代谢物-靶器官经验研究案例

1. 爆款组学第二弹| CNS新套路:肠道菌群-血液-靶器官,串起来才够味!!

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