制作基因敲除小鼠时,是否敲除片段越长越好?

来源: 赛业(广州)生物科技有限公司   2020-2-12   访问量:359评论(0)

对基因编辑认识尚浅的研究者,仿佛陷入了一个误区,误以为敲除片段越大越好。其实不然,制作基因敲除模型的目的是让某个特定基因沉默,且尽可能不干扰其它基因的功能,这样才能针对性的研究目标基因的功能和表型。众所周知,基因序列由外显子(exon)和内含子(intron)组成,外显子转录后加工为成熟mRNA被认为是有功能的DNA序列,而内含子在RNA转录后加工过程被剪切认为是无功能的DNA序列,但某些内含子并非完全无功能,可能参与该基因或其它基因的表达调控等。我们在做条件性基因敲除(CKO)模型时发现loxp等外源序列插入内含子安全区域(软件预测已避开SA和SD区域),但经检测目的基因表达已经受到干扰。

目前人类对内含子的认知甚少。为了尽可能不影响其它基因的功能,我们设计敲除方案的原则是敲除目的基因的关键编码区,能达到沉默目的基因即可,而不是敲除基因片段越大越好。目前,CRISPR/Cas9技术做大片段基因敲除并不难,赛业生物团队已经做过多个敲除片段大于400kb的小鼠模型。这类大片段基因敲除项目通常是需要同时敲除串联在一起的一个基因家族的多个基因,或者所要敲除的目的基因本身片段超长。但基于模型安全性和有效性,对于大多数项目,我们一般建议敲除片段在2kb左右。

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