【肿瘤SNV 5%FFPE标准品】6种试剂盒提取效率对比!

来源: 菁良基因科技(深圳)有限公司   2019-8-30   访问量:3268评论(0)


从福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织中提取基因组DNA是分子诊断的第一个关键步骤。蜡片中稳定的基因组DNA含量有利于衡量FFPE提取试剂盒的效率,及FFPE提取流程的精确性,重复性,稳定性。


菁良基因基于自身蜡块包埋高度均一性及稳定的生产工艺,在制作过程确保每个部分包含相同的细胞数量,生产出基因组DNA含量稳定的FFPE切片,是分析FFPE切片DNA提取效率的理想材料。

菁良基因在近期推出的“肿瘤SNV 5%FFPE标准品”中随机挑选了几个批次的FFPE切片产品,送给8家客户进行提取效率的验证。




每片产品中包埋的细胞数目大约是390,000个,基因组DNA含量大于400ng(采用推荐提取试剂盒)。


如下图所示,8家客户及菁良本身使用的共6种提取kit,分别从一片FFPE标准品中提取的gDNA含量分布。



(从FFPE切片中提取出基因组DNA含量分布)


说明

以上图标从左至右数据依次为:
左一:菁良基因使用Promega Maxwell LEV Plus FFPE DNA Extraction kit30片“肿瘤SNV 5%FFPE标准品”提取出来基因组DNA的平均值。

左二:客户A使用Life生产的“RecoverAll Total Nucleic Acid Isolation Kit(AM1975)”的提取结果。

左三、四、五、六:客户BCDE分别使用凯杰生产的“QIAamp DNA FFPE Tissue Kit 56404)”提取试剂盒,提取量从200ng800ng不等。

右三:客户F使用新百基生产的“石蜡包埋组织切片DNA提取试剂盒(M2015-01)”的提取结果。

右二:客户G使用艾德生物生产的“核酸提取试剂(型号:FFPE DNA)”的提取结果。

右一:客户H使用美基生物生产的“核酸提取或纯化试剂(IVD3101)”来进行提取。


从数据图中我们可以看出,即使其中有四家客户同时使用了凯杰生产的“QIAampDNA FFPE Tissue Kit 56404)”提取试剂盒,提取量也从200ng800ng不等。


这表明由于提取过程引入的操作人员,操作流程,操作环境等各种因素的影响,目前市面上各公司提取流程的效率有待验证,部分公司的提取流程有待优化。


右一、右二两个数据来自国内企业生产的提取试剂盒,其表现力也不输PromegaLifeQIAamp等外企生产的提取试剂盒。


注:本次展示数据,不排除单次结果的数据偶然性。


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