Benzonase核酸酶
Benzonase核酸酶是由粘质沙雷氏菌（Serratia marcescens ）分泌的、大小为26 KD的一种广谱核酸酶，由Benzon公司最先商品化，故名Benzonase。
脱氧核糖核酸酶(牛胰)
脱氧核糖核酸酶(牛胰)分子量：约31 kDa。应用：生化研究，催化脱氧核糖核酸降解，可用于蛋白或RNA的提取中去除DNA。酶反应如下：脱氧核糖核酸→二核苷酸-5’-磷酸＋寡聚核苷酸-5’-磷酸。
BAL 31核酸酶
BAL 31核酸酶是海洋性细菌A.espejiana BAL 31在菌体外产生的酶。能以内切方式特异性地降解单链DNA，没有单链时也作用于双链DNA，表现出从DNA两端同时降解的5′→3′及3′→5′的外切酶活性（Trimming活性）
核酸外切酶 I
核酸外切酶 I是单链特异性3’→5’核酸外切酶，从ssDNA的3’-OH末端分解生成5’-单核苷酸。本酶对单链DNA的特异性非常高，不分解双链DNA及RNA。
核糖核酸酶T1
核糖核酸酶T1是一种内切酶，在G残基位点特异性降解单链RNA，通过形成核苷2′,3′-环磷酸中间体来切割3′-鸟苷残基与邻近核苷5′-OH基团之间的磷酸二酯键，反应产物是3′-GMP末端寡核苷酸。
核糖核酸酶HII
核糖核酸酶HII为核糖核酸内切酶，适用于在双链 DNA 内部切刻核糖核酸的 5' 末端，产生 5' 磷酸和 3' 羟基末端。RNase HII 还可以在冈崎片段的RNA 部分进行多处切割。
核酸外切酶 III
核酸外切酶 III具有从双链DNA的3′-OH末端降解生成5’-单核苷酸的3′→5′外切酶活性。本酶对双链DNA具有高度特异性，能降解平滑末端、3′凹陷末端及有切口的DNA，但是不能降解3′-突出末端。
S1核酸酶
S1核酸酶来源于稻谷曲霉(Aspergillusoryzae)，是一种高度单链特异的核酸内切酶，在最适的酶催反应条件下，降解单链DNA或RNA，产生带5'-磷酸的单核苷酸或寡核苷酸。对双链DNA、双链RNA和DNA-RNA杂交体相对不敏感。