固相萃取填料的分类方式与液相色谱中的分类方式相同，分为三大类：正相、反相和离子填料。被分离样品和化合物的特性决定了适合的填料类型。水溶性或极性有机基质通常要求反相填料，而非极性基质要求正相填料。基质的极性可以通过加入适当的溶剂来升高或者降低。分析人员还需要确定是否保留有关化合物后再洗脱，还是保留干扰化合物。例如非极性被分析物（如杀虫剂，药物）溶于极性介质中（如水，尿），那么适合的填料应是反相填料。C18或C8填料优先保留非极性化合物，使得弱保留的极性化合物被极性溶剂冲洗下来，而非极性化合物才被最终洗脱。

根据使用方法选择了SPE填料和柱管的形式之后，还需要确定柱床体积。一般来说，60?孔径的键合的硅胶固定相保留它的柱床重量的1%。例如，500 mg的柱床能保留样品中对填料有亲合力的所有化合物大约5mg。当然有许多因素影响SPE小柱的结合能力，主要的因素是样品的基质和被分析化合物的结构。填料样品的基质的极性将影响柱床的容量，在极性基质中反相填料有较高的容量，而正相填料在非极性基质中有较高的容量。相对于填料的被分析化合物的极性也将影响柱床的容量，反相填料对非极性化合物有最大的保留，而正相填料对极性化合物有最大的保留。另外还要考虑样品中是否有共保留的化合物，例如同样柱床体积的C18小柱吸附尿液或血液中的药物要比吸附缓冲液中的同一种药物要少，因为尿液或血液中还存在其他C18保留的化合物如磷脂，蛋白等。