针对已知基因组物种，通过群体内pooling建库的方法，进行全基因组重测序（20X以上/群体），采用生物信息学方法全基因组范围内扫描变异位点，检测性状相关的基因区域及其功能基因。
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蛋白全谱分析是指蛋白质组分分析，是以完整的组织、血液或体液等复杂样本为研究对象，目的在于识别出样品中尽可能多的肽段和蛋白质。
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通过基于PacBio第三代测序和Illumina二代测序，根据菌株具体情况制定最优策略，最终得到一条完整的基因组序列（1 contig，0 gap），是细菌基因组测序的最高要求。
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