SSR标记是基于DNA长度多态性的分子标记技术，具有共显性与高度可重复性，是研究群体遗传学、进行分子标记辅助育种、系谱分析和法医鉴定的理想工具。因SSR标记种族特异性,必须采用特异引物进行PCR检测。
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AFLP标记转换成简单实用的特征性片段扩增区域( sequence characterized amplified reg ion, SCAR )标记,将SCAR标记片段特异性引物PCR鉴别特定物种。
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