瓦氏黄颡鱼（Pelteobagrus vachelli）是亚洲知名的经济鱼类。然而，突然缺氧会导致其死亡。研究鱼类缺氧适应的分子机制，不仅有助于理解鱼类物种和缺氧信号通路的演变，也将指导缺氧耐受鱼种的培育。尽管如此，对于鱼类miRNA与mRNA的基因调控网络，以及缺氧应答相关的信号通路仍然知之甚少。
在此项研究中，南京师范大学生命科学学院尹绍武教授领衔的课题组使用二代测序对对照和缺氧P. vachelli 肝脏的转录组和miRNA组进行测序，以阐明缺氧适应的分子机制。研究人员使用生物信息学分析和miRNA靶基因预测算法鉴定出许多miRNA-mRNA关系对。不仅如此，研究人员还比较了多个关键通路，这些通路被鉴定为参与P. vachelli 的缺氧应答。此项研究成果发表在3月10日的Scientific Reports上。
本研究首次联合分析了鱼类mRNA测序数据和miRNA测序数据，深入调查了缺氧适应的分子机制。qRT-PCR分析进一步证实mRNA和miRNA测序分析结果。本研究为使用二代测序分析非模式鱼类的mRNA/miRNA表达谱提供了很好的案例。
本研究中的转录组测序（de novo）和小RNA测序联合分析由联川生物协助完成
参考文献
Zhang,G. et al. (2016) Integrated analysis of mRNA-seq and miRNA-seq in the liver of Pelteobagrus vachelli in response to hypoxia. Sci. Rep. 6, 22907.
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