轻松应对土壤/粪便DNA提取难题！

DNA双螺旋模型的发现让人们认识到，生命最根本的基石是4个“碱基字母”及其相应的“书写规则”。现代分子生物学的发展对DNA的研究有了更精准的认识；DNA提取是分子生物学实验中必不可少的实验步骤。

常规的DNA提取研究者们可以轻松掌握，让人困扰的是一些特殊样本的提取，比如土壤DNA提取、粪便DNA提取，这类样本含有大量的杂质，提取纯度差、得率差是常常遇到的问题。

翌圣生物经过匠心打造，自主研发出高性能的土壤DNA提取试剂盒和粪便DNA提取试剂盒，助力微生物组学的研究！

土壤DNA提取

土壤中的微生物多种多样，同时，土壤样本中常含有大量的抑制剂（腐殖酸、黄腐酸等腐殖质），腐殖质容易与核酸一起被抽提，且会影响DNA聚合酶活性，进而影响下游PCR及测序过程。获取土壤样本微生物DNA是土壤研究的第一步，也是下游实验能否成功进行的最关键的一步。

土壤提取的难点及解决方案

难点一：提取的 DNA 得率低

• 样本微生物含量低：增加样本量；调节样本的含水量等因素来优化裂解条件。
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• 裂解不充分：增加物理破碎的时间和次数。
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• 洗脱不充分：建议二次洗脱增加产量或提高洗脱体积。

难点二：提取的核酸出现降解，跑胶有弥散现象

• 优化裂解条件，避免过度裂解，降低物理破碎的力度；
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• 操作过程中是否有污染 DAase，造成 DNA 降解；
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• 可能有大量RNA的污染，可加入RNase I。

难点三：提取 DNA 的纯度过低，残留抑制物影响下游实验

• 样本复杂含有有机质高：需要特别去除杂质，必要时可以使用 PBS 清洗土壤并收集菌体；
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• 杂质去除效果差，杂质残留多：选择有去除蛋白、腐质酸等复杂抑制物的去杂剂；
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• 乙醇等没有充分挥发：晾晒步骤要充分，使醇挥发。

产品推荐

MolPure® Soil DNA Kit（Cat#18815ES），能高效获得土壤DNA，有利于实现后续对土壤微生物生态系统多样性的研究。

产品特点

• 操作便捷：室温操作，仅需35min即可回收DNA。
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• 产量高：独特的玻璃珠能高效裂解土壤微生物，释放更多DNA，最大限度地提取其产量。
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• 适用范围广：适合花坛土、花盆土、农田土、山林土、淤泥、黑土等各类型土壤。
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• 纯度高：有效去除土壤中腐殖酸、重金属离子等杂质，并与离心柱法纯化相结合，提高了DNA的纯度。

操作流程

图1 土壤DNA提取操作流程图

产品性能

250mg池塘土壤样本，分别用18815ES和竞品提取，洗脱体积50μL，18815ES相对竞品展现出更优异的DNA浓度和纯度。

表1 DNA提取浓度和纯度

图2 土壤DNA琼脂糖凝胶电泳图

粪便DNA提取

肠道微生物的种类、数量、生理活动等，参与影响人体多种生理机能，并与部分疾病的发生紧密相关。粪便中含有的成分非常复杂，包括包括水分、蛋白质、无机物、脂肪、未消化的食物纤维、脱了水的消化液残余、维生素K、维生素B等，因此从粪便中提取核酸并非易事。

粪便提取难点及解决方案

难点一：粪便中革兰氏阳性菌难以破壁

• 加入裂解液后充分震荡混匀；
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• 针对含革兰氏阳性菌等较难裂解的粪便样本，可提高样本裂解的温度。

难点二：提取 DNA 中的残留物质抑制下游实验

• 转移上清时避免吸到粪便颗粒；
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• 去除杂质时，应充分震荡混匀；
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• 对于非常干燥的粪便样本，需要适当减少样本量。

产品推荐

MolPure® Stool DNA Kit 粪便 DNA 提取试剂盒（Cat#18820ES），能高效提取粪便DNA，有利于实现后续对肠道微生物生态系统多样性的研究。

产品特点

• 操作便捷：室温操作，仅需35min即可回收DNA。
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• 产量高：独特裂解液配方，释放更多DNA，最大限度地提取其产量。
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• 纯度高：独特的杂质去除剂配方，能很大程度去除粪便中的杂质，并与离心柱法纯化相结合，提高了DNA的纯度。

操作流程

图3 粪便DNA提取操作流程图

产品性能

来自8位自愿者的粪便样本，取200mg样本，采用18820ES和竞品提取粪便DNA，洗脱体积50μL， 18820ES相对竞品展现出更优异的DNA浓度和纯度。

表2 粪便DNA提取浓度和纯度

图4 粪便DNA提取琼脂糖凝胶电泳图