新品上新|植物rRNA去除试剂盒,看得见的去除效率!

来源: 上海翊圣生物科技有限公司   2020-7-27   访问量:1764评论(0)

新品上新|植物rRNA去除试剂盒,看得见的去除效率!

最近,有小伙伴私信小翊,抱怨转录组建库,最后得到的有效信息和耗费的财力、物力、人力、时间相比,简直是九牛二毛。归根到底,竟是rRNA惹的祸。

转录组(transcriptome)是指在某一特定生理条件下,细胞、组织或者生物体内所有转录产物的集合,即转录出来的所有RNA总和,包括编码RNAmRNA)和非编码RNAtRNArRNAmiRNAlncRNAcircRNA)等不同类型的RNA分子,其中,rRNA约占RNA总量的 80%以上,是最多的一类RNA

1:总RNA中各种RNA占比饼状图

rRNA作为总RNA中最丰富的成员,提供的转录本信息却少之又少,且检测过多会掩盖其它基因的表达丰度,从而增加低丰度转录本的检测难度。因此通常在测序之前从RNA样品中去除rRNArRNA去除的效率也被视为最大化读取到转录物的关键因素。

新品简介

翊圣生物最新推出植物rRNA去除试剂盒Hieff NGS® MaxUp rRNA Depletion Kit (Plant)#12254,满足客户rRNA去除的多元化需求,致力于将转录本信息读取做到最大化。

2植物rRNA去除试剂盒

Hieff NGS® MaxUp rRNA Depletion Kit (Plant)利用RNase H消化法去除植物来源RNA中的核糖体RNA(包括细胞质18S25S rRNA,线粒体18S26S rRNA,叶绿体16S23S rRNA以保留信使RNAmRNA)和其它非编码RNA。该试剂盒对于完整和部分降解的总RNA均具有良好的rRNA去除效果。经rRNA去除所获得的RNA样本可用于高通量测序分析mRNA和非编码RNA,可显著提高测序结果中有效数据比例也可用于cDNA合成或其它下游应用

产品特点

3植物rRNA去除试剂盒特点

操作流程

4植物rRNA去除操作流程

产品数据

1、不同起始量,rRNA的去除效率测试

不同Input量的拟南芥叶片RNA,使用12254进行rRNA去除后衔接12251构建链特异性文库,并进行 Illumina 双端测序(2 × 150 bp),分析下机数据中rRNA的占比。结果表明:测试的所有起始量均能有效去除rRNA

5不同投入量,rRNA去除效率图

2、重复实验相关性测试

1μg拟南芥叶片RNA,使用12254进行rRNA去除后衔接12251构建链特异性文库,实验进行3次重复。文库分别进行 Illumina 双端测序(2 × 150 bp),分析下机数据不同转录本的表达量。结果表明:3次重复转录本表达相关性保持一致。

6植物rRNA去除试剂重复实验相关性测试图

3、不同投入量相关性测试

不同Input量的拟南芥叶片RNA,使用12254进行rRNA去除后衔接12251构建链特异性文库,并进行 Illumina 双端测序(2 × 150 bp),分析下机数据不同转录本的表达量。结果表明:测试的所有起始量转录本表达相关性保持一致。

7植物rRNA去除试剂不同投入量相关性测试图

4、多个物种的rRNA去除效率测试

不同物种来源的1 μg Total RNA,使用12254进行rRNA去除后衔接12251构建链特异性文库,同时构建未去除的文库,并进行 Illumina 双端测序(2 × 150 bp),分析下机数据不同物种在去除前后rRNA的占比。结果表明:针对多种植物来源RNA,该试剂盒均能有效去除rRNA

8多物种rRNA去除效率测试图

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