菁准防控 | COVID-19 RNA质控品对新冠病毒核酸检测试剂盒的性能比较

来源: 菁良基因科技(深圳)有限公司   2020-7-23   访问量:1986评论(0)

在北京刚刚控制好疫情,病例快速清零后,香港和新疆近日又连续出现新发病例,基于我国强大的防控体系,我们相信这次疫情也会得到快速控制。


核酸检测是精准防控的有效手段,然而近日仍有报道来华参加CBA的广东外援马尚起飞前检测结果正常,抵深后被确诊为无症状感染者而无缘总决赛,这也表明核酸检测准确率仍然有待提高。

菁良使用自主研发的COVID-19 RNA质控品(GW-CRPM002)作为阳性参考品,对目前市场上6款主流荧光PCR法试剂盒进行了平行检测,并对相关试剂盒的性能进行了比较和分析。以下是我们这次更新的一些应用数据分享。

方法


将菁良基因COVID-19 RNA质控品配制配置成6个梯度浓度的弱阳性参考品,根据各试剂盒的说明书进行操作及上样,比较试剂盒的检测结果(6家试剂盒分别以A、B、C、D、E、F表示)。

//步骤

√计算配制参数:根据6款试剂盒要求的上样体积、每种浓度做3个重复,计算得到每个浓度质控品至少需求体积为214.5μL。根据此原则对样品进行稀释和配制。

√离心:取一管干粉状态的COVID-19 RNA质控品,进行离心操作(1000rpm,30s),防止开盖损失。

√复溶:加入150μL DEPC水(Thermo Scientific,cat. R0603)将干粉溶解,涡旋振荡20s,短暂离心,得到终浓度为约10000copies/ml的“COVID-19 RNA质控品母液“。(水的体积根据产品说明附件(《数字PCR实测值》)提供的病毒基因拷贝数均值进行参考计算)

√稀释:使用DEPC水稀释到终浓度为100copies/ml, 250copies/ml, 500copies/ml, 1000copies/ml, 2000copies/ml, 3000copies/ml等6个浓度梯度、体积≥214.5μL的溶液.

本实验采用梯度稀释的方法进行稀释:
■ 取10000copies/mL溶液65μL,加入DEPC处理水151.7μL,混匀得3000copies/mL溶液216.7μL。

■ 取10000copies/mL溶液85μL,加入DEPC处理水340μL,混匀得2000copies/mL溶液425μL。
■ 取2000copies/mL溶液205μL,加入DEPC处理水205μL,混匀得1000copies/mL溶液410μL。

■ 取1000copies/mL溶液190μL,加入DEPC处理水190μL,混匀得500copies/mL溶液380μL。
■ 取500copies/mL溶液160μL,加入DEPC处理水160μL,混匀得250copies/mL溶液320μL。
■ 取250copies/mL溶液88μL,加入DEPC处理水132μL,混匀得100copies/mL溶液220μL。


√上样检测:按各试剂盒说明书所需反应液体积,依次加入上述制备的质控品溶液于反应体系中,使用荧光定量PCR仪(CFX Connect Real-Time PCR Detection System,Bio-rad)对COVID-19 RNA质控品进行检测,每个反应进行三次重复。


结果与分析
将三次重复实验的数据取均值,6款试剂盒在不同浓度梯度下的检测结果如下所示:

图1 //不同样品浓度在6款试剂盒的检测结果

 

图注:横坐标表示不同的试剂盒,纵坐标为检测的溶液浓度;圆点颜色表示检测结果:黄色表示检出,红色表示未检出;橙色虚线代表试剂盒的检测限


图2 //不同样品浓度在6款核酸检测试剂盒的阳性检出率


//结果分析
 

■ 当样品检测浓度为3000 copies/ml、 2000 copies/ml、1000 copies/ml时,6款试剂盒阳性检出率为100%

■ 当样品浓度在500copies/ml时,除了C试剂盒,其他5款试剂盒均能检出,阳性检测率为83%

■ 当样品浓度在250copies/ml时,只有A、E、F这3家试剂盒检出,阳性检测率为50%

■ 当样品浓度在100 copies/ml时,只有F试剂盒能检出,阳性检测率仅为17%


结论


■ 随着样本浓度的下降,6款试剂盒的阳性检出率也呈下降的趋势,对不同浓度的弱阳性样本的检出体现了各试剂盒检测性能的差异,并且随着样本浓度的下降,阳性检出率也呈下降的趋势。

■ 虽然6款试剂盒在各自的检测限范围内均能100%检出弱阳性样本,符合承诺的检测限检测能力,但在相同检测限的条件下,部分试剂盒在检测限以下的多个梯度浓度中也能有效检出,体现了更优的检测性能。


在以上测试中,菁良COVID-19 RNA质控品通过简单的稀释步骤,即可得到不同梯度浓度的弱阳性参考品,为试剂盒的性能验证及平行比较提供了可能和保障。

该产品覆盖病毒基因组全长,理论上可适配目前所有核酸检测试剂盒,是进行各种试剂盒性能比较的理想参考品。

该产品为RNA干粉形式,稳定性好、保质期长,相对溶液的形式更易于保存和运输。含人源RNA背景,能更好的模拟临床样本,通过ddPCR精确验证的病毒拷贝数,用户可以根据自身的使用需求稀释至任意浓度。

该产品可作为不同试剂盒的弱阳性参考品/质控品,应用于检测试剂盒的性能验证和平行比较,也可作为日常质控品,应用于日常检测的全流程监控和结果检验。

 

 

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